II Cərrahi xəstəliklər kafedrası (1982 ci ilə qədər II Hospital cərrahiyyə kafedrası adlanıb. N.Nərimanov adına Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunun nəzdində 1967-ci ildə təşkil olunmuşdur. Kafedranın yaradılmasının əsas məqsədi müalicə profilaktika fakultəsinin tələblərinə klinik cərrahiyənin tədrisinin təkmilləşdirilməsi olmuşdur. Kafedra Respublikanın aparıcı müalicə müəssələrindən biri olan Bakı şəhəri 5 saylı klinik xəstəxananın cərrahiyyə şöbəsinin bazasında təşkil olunmuşdur.Kafedranın təşkilatçısı və ilk rəhbəri SSRİ və Azərbaycan cərrahiyyə elminin görkəmli xadimlərdən biri olan professor Hüseyn Kərim oğlu Əliyev olmuşdur.
Təşkil edilən gündən kafedranın əsas fəaliyyət istiqamətləri tədris metodiki işin təşkilindən, klinik cərrahiyyənin aktual məsələlərinə həsr olunmuş elmi tədqiqatların, həmçinin praktik səhiyyə işinin aparılmasından ibarət olmuşdur.
1972 ci ildən hal hazıra qədər II Cərrahi xəstəliklər kafedrasına tanınmış azərbaycan cərrahı, böyük alim, Respublukanın əməkdar elm xadimi, professor, Azərbaycan respublikasının Elmlər Akademiyanın həqiqi üzvü Böyükkişi Ağa oğlu Ağayev fasiləsiz rəhbərlik edir.Keçən illər ərzində kafedranın müdiri akademik
B.A.Ağayevin rəhbərliyi altında kafedrada qaraciyərin, öd yollarının, mədə və on iki barmaq bağırsağın, mədəaltı vəzin, nazik, yoğun və düz bağırsaqların patologiyaları kimi əhəmiyyətli və aktual cərrahi problemlər üzərində xeyli elmi tədqiqatlar aparılmışdır. Klinikada ən ağır cərrahi patologiya ilə yatan xəstələrin müalicəsində kafedranın professor dosent heyəti aparıcı rol oynayır.
Keçən illər ərzində kafedrada bir sıra böyük elmi kadrlar və yüksək ixtisaslı mütəxəsislər hazırlanmışdır. Mövcud olduğu keçən illər ərzində kafedrada 3 tibb elmləri doktoru və 30 tibb elmləri namizədi hazırlanmışdır. Hal hazırda onların çoxu Respublikada və xaricdə ayrı ayrı müalicə və elm müəssisələrində fəaliyyət göstərirlər.
Son illərdə kafedranın Türkiyənin, MDB ölkələrinin, Almaniyanın və s. ölkələrin elmi mərkəzləri ilə sıx əlaqələri yaranmışdır. Kafedra əməkdaşları mütəmadi olaraq bu mərkəzlərə konfranslara, ixtisas artırma kurslarına gedərək, qabaqcıl tibbi texnologiyalarla, yeni cərrahi əməliyyatlarla və tibbi tədrisin yenilikləri ilə tanış olurlar.
1999-ci ildə kafedra müdiri akademik B.A.Ağayev M.Topçubaşov adına Elmi Cərrahiyə Mərkəzinin direktoru təyin olunandan sonra II Cərrahi xəstəliklər kafedrasının klinik bazası genişlənmişdir. Hal hazırda kafedra Bakı şəhəri 5 saylı klinik xəstəxananın cərrahiyyə şöbələrində və akademik M.Topçubaşov adına Elmi Cərrahiyə Mərkəzində olmaqla iki klinik bazaya malikdir.
Ənənəvi olaraq kafedrada tədris metodiki işə böyük diqqət yetirilir. Hər il kafedrada 300 ə yaxın II Müalicə profilaktika fakultəsinin tələbələrinə mühazirələr oxunur və praktiki məşğələlər keçirilir. Azərbaycan Tibb Universitetin digər kafedraları kimi, II Cərrahi xəstəliklər kafedrası da tədrisdə qabaqçıl sayılan Bolon (kredit) sisteminə keçmişdir.
Kafedranın klinik bazalarında tələbələrin xəstələrin müayinəsində, müalicə prosessində (o cümlədən cərrahi əməliyyatlarda) iştirakı, elmi tədqiqat işlərinin aparılması üçün geniş şərait yaradılmışdir. Tələbələr öz müəllimlərilə birlikdə daimi olaraq xəstələrin baxışlarında iştirak edirlər.
Hal hazırda kafedrada dərslər azərbaycan, rus və ingilis dillərində aparılır. Müəllim və tələbələr əsas dərs vəsaiti kimi akademik B.A.Ağayevin azərbaycan dilində yazdığı "Cərrahi xəstəliklər" adlı dərsliyindən istifadə edirlər. Bu dərslik bir neçə dəfə nəşr olunmuş, müəllimlər və tibb tələbələri arasında populyarlıqda istifadə olunmaqdadır.
Hal hazırda kafedrada planlı elmi iş aparılır, mövzusu: "Həzm traktının yuxarı şöbələrdən qeyri-xora mənşəli qanaxmaların diaqnostikasında və müalicəsində yeni yanaşmalar".
2013-cü ildə Azərbaycan Tibb Universitetinin Tədris Cərrahiyyə Klinikasının istifadəyə verilməsi ilə əlaqədar kafedra bu tədris binasının XI mərtəbəsində yerləşmişdi. Kafedra əməkdaşları klinikada təşkil olunmuş tədris otaqlarında, XIII mərtəbədə fəaliyyət göstərən virtual tədris mərkəzində tələbələrlə dərs vaxtı müxtəlif bacarıq və seminarlar tədris edirlər. Kafedra əməkdaşları öz ənənələrinə sadiq qalaraq ən ağır cərrahi əməliyyatları – xolesistektomiya, öd yollarında rekonstruktiv bərpa əməliyyatları, mədə rezerksiyası, yoğun və düz bağırsaq rekonstruktiv bərpa əməliyyatları, bariatik əməliyyatları, müxtəlif laparoskopik əməliyyatları, yüksək səviyyədə icra edirlər. Kafedrada gənc əməkdaşlara, rezidentlərə daha da önəm verilir və onların yeniliklər tətbiq etmələri üçün hər cür şərait yaradılır.