Neyrocərrahlıq kafedrası ilk dəfə 1968-ci ildə Azərbaycan Tibb Universitetinin III hospital cərrahlıq kafedrasının tərkibində yaradılmışdır. O zaman kafedra “III hospital cərrahlıq və neyrocərrahlıq” adlanırdı. Kafedraya prof. Ə.B.Ağalarov rəhbərlik edirdi. Kafedrada Moskvadan Burdenko adına Elmi Tədqiqat neyrocərrahlıq institundan dəvət olunmuş tibb elmləri namizədləri A.Ş.Vəlibəyov, R.Ə.Əliyev, R.S.Həsənov və Polenov adına Sankt Peterburq ET neyrocərrahlıq institundan dəvət olunmuş t.e.n.G.Əsədov işləmişlər. Kafedra M.Mirqasımov adına xəstəxanada yerləşirdi. Kafedra işçilərinin respublikada ilk dəfə təşkil olunmuş neyrocərrahlıq şöbəsinin formalaşması üçün, neyrocərrahlığın bir tədris fənni və dissiplina kimi təşkil tapmasında xüsusi rolu olmuşdur. 1968-1980-ci illər ərzində neyrocərrahlar tərəfindən 30-a qədər elmi məqalə və tezis çap edilmiş və 10 nəfər gənc neyrocərrah hazırlanmışdır.
1981-ci ildə prof. Ə.B.Ağalarovun vəfatından sonra neyrocərrahlıq ayrıca kurs kimi III hospital cərrahlıq kafedrasından ayrılaraq fəaliyyət göstərməyə başladı. Kursa o vaxtdan 2001-ci ilə qədər dosent R.S.Həsənov rəhbərlik etmişdir. 1985-ci ilə qədər kurs yenə də Respublika Klinik xəstəxanasında yerləşirdi. Kursa yeni işçilər tibb elmləri namizədləri V.J.Məmmədov və t.e.n A.M.Kərimov dəvət olunmuşlar. Bu illərdə ilk dəfə Azərbaycan Tibb İnstitutu tərəfindən klinik ordinaturaya 5 yer ayrılaraq, institutu yenicə bitirmiş 5 nəfər qəbul edilir.
1982-ci ildə neyrocərrah M.R.Məcidov Moskva şəhərində Burdenko ET neyrocərrahlıq instituna məqsədli aspiranturaya göndərilmiş, 1985-ci ildə tibb elmləri namizədliyi müdafiə edərək respublikamıza qayıtmışdır.
1985-ci ildə neyrocərrahlıq kursu Respublika Klinik xəstəxanasından yenicə açılmış 250 çarpayılıq neyrocərrahlıq mərkəzinə köçmüşdür. Bu mərkəz bütövlükdə neyrocərrahlıq xidmətində xüsusi rol oynamışdır. Burada neyrocərrahlığın ayrı-ayrı sahələri (neyroonkologiya, damar neyrocərrahlığı, neyrotravmatologiya, neyroreanimasiya, neyroreablitasiya, neyrorentgenologiya, neyrofiziologiya və s.) sərbəst şöbə kimi fəaliyyət göstərir. İlk dəfə regiona, bizim mərkəzə kompyuter (KT) aparatı gətirilmişdir. KT-nin tətbiqi ilə əlaqədar xəstələrin diaqnozu asanlaşdı, tezləşdi və dəqiqləşdi, xəstələrin sayı kəskin artdı. Nəticədə neyrocərrahların sayı artdı, əməkdaşlar elmi işlərlə məşğul olmağa başladılar. Əməkdaşlardan R.İ.Şahbazov, H.H.Aslanov, A.Ə.Nağıyev, S.A.Etibarlı, Ş.F.Qafarlı, V.N.Zəkiyev, R.A.Vəlibəyov, E.Ş.Cəbrayılbəyov Kiyev şəhərinə A.P.Romodanov adına ET neyrocərrahlıq instituna ixtisaslaşma kursuna göndərildilər.
Sonrakı illərdə əməkdaşlardan S.A.Etibarlı 1992-ci ildə Kiyev şəhərində “Baş beynin abseslərinin müxtəlif yaş qruplarında klinika, diaqnostika və cərrahi müalicəsi” movzusunda A.Ə.Nağıyev 1995-ci ildə Kiyev şəhərində, yenə də Qafarlı Ş.F.198-ci ildə Kiyev Şəhərində “Baş beynin kistalı şişlərinin klinika, diaqnostika və cərrahi müalicəsi” mövzusunda, Cəbrayılbəyov E.Ş. 1999-cu ildə Moskva şəhərində namizədlik dissertasiyaları müdafiə etmişdir. 1991-ci ildə Neyrocərrahlıq kursuna 2 yeni assistent t.e.n C.R.Cabbarlı və t.e.n.S.A.Etibarlı qəbul edilmişlər. Bu illər ərzində kursun əməkdaşları respublikada SSRİ şəhərləri, Avropa ölkələri və Türkiyədə dəfələrlə konfrans və qurultaylarda iştirak və çıxış etmiş, 100-dən çox elmi məqalə və tezis çap etdirmişlər.
2001-ci ildən kursa t.e.n., dosent S.A.Etibarlı rəhbərlik edir.
2001-2014-cü illər ərzində kafedranın əsas elmi istiqaməti baş beynin çoxsaylı həcmli proseslərinin (şişlər, abseslər, exinokokklar və s.) klinika, diaqnostika və differensasiyalı cərrahi müalicə üsulları olmuşdur. Bu tədqiqatın nəticəsi olaraq 1 doktorluq (2012 ci il Etibarlı S.A.) və 2 namizədlik dissertasiyası (2010 Novruzov E.H.) (İsayev N.2008) müdafiə edilmişdir. Kafedranın II elmi istiqaməti fəqərə sütununun degenerativ proseslərinin- osteoxondrozların klinika, diaqnostika və cərrahi müalicəsi olmuşdur ki, bu tədqiqatın nəticələri üzərində kafedranın assistentləri İskəndərov C.N., Qaralov F.Ə. və Qarayev İ.C. namizədlik dissertasiyaları üzərində işləyirlər. Bunlarla yanaşı kafedranın əməkdaşlarından Məmmədov C.C.- 2003, Xəlilzadə R.S.- 2006, Nəbizadə R.Z.- 2012-ci illərdə namizədlik dissertasiyaları müdafiə etmişlər.
2004-cü ildə kafedranın əməkdaşları R.S.Həsənov və S.A.Etibarlı tərəfindən azərbaycan dilində ilk neyrocərrahlıq kitabı (dərslik) çap edilmişdir. 2013-cü ildə yenə də kafedranın əməkdaşları Məmmədov C.C., Novruzov E.H. və Qarayev İ.C. tərəfindən neyrocərrahlığa aid testlər toplusu kitabı çap edilmişdir.